La historia de Almuñécar se inicia en el 1500 a. C., con la presencia de las gentes de la cultura argárica de la Edad de Bronce. A finales del siglo IX a. C., los indígenas reciben la colonización fenicia, creando las estructuras urbanas de la colonia de Ex, de tal forma que, cuando a finales del siglo III a. C., lleguen los romanos, encontrarán una ciudad bien estructurada, con una pujante economía basada en la salazón de pescado, fabricación de Garum y moneda propia, a la que remodelarán construyendo templos, teatro y acueducto, propios del municipio de derecho latino Sexi Firmum Iulium. En tiempos de al-Ándalus, el ilustre viajero al-Idrisi, al descubrir la ciudad, ya hacía mención de las ruinas de tiempos anteriores. Con la llegada de Abderramán I en el año 755 a la Península por las costas sexitanas, Almuñécar pasó a pertenecer, según la división administrativa de los musulmanes, a la cora de Elvira. En este momento Almuñécar era un punto fuerte en la costa: un hins o castillo, aunque hasta el siglo XI no se puede hablar de ella como ciudad o medina. Producía caña de azúcar, plátanos, pasas, cereales, todo tipo de frutos y casi todos los geógrafos señalan la buena pesca que obtenía en sus aguas. La ciudad disponía de puerto, arrabales o barrios extramuros, mercados y una mezquita mayor.

Durante el período en que el territorio de al-Ándalus estuvo dividido en diversas taifas, Almuñécar dependió de la Taifa de Granada consolidándose como la principal ciudad costera de su reino. Durante el reino nazarí fue uno de los núcleos más importantes, junto con el resto de los lugares de su distrito: Cázulas, Lentegí, Turillas, Otívar y Jete, la desaparecida alquería de Bodíjar, Ítrabo y Jate (cerca de Moscaríl), siendo muy visitada por la realeza que disfrutaba temporadas en la residencia real. Tras la caída de Baza en 1489 la Costa de Granada se rindió a las tropas castellanas en diciembre de ese mismo año, bajo las capitulaciones que se firmaron en Almuñécar. El escudo de armas de la ciudad, constituido por las cabezas de tres piratas berberiscos, que flotan en el mar, fue un regalo del emperador Carlos I.

El municipio es conocido por haber sido una colonia fenicia. El alfabeto fenicio contaba sólo con consonantes, por lo que el nombre de la colonia, transcrito en latín, es "SKS", que derivó a "Sex" tras la conquista romana. En latín el caso de los nombres de ciudades era el locativo, al que se le añadía una "i" en la declinación correspondiente. Debido a esta derivación conocemos el nombre anterior de Almuñécar como "Sexi", que se mantuvo como nombre bajo dominio romano añadiéndole "Firmun Iulum". El actual nombre procede de "Hins-al-Monacar" («rodeada de montañas»), que fue el nombre que le dieron los musulmanes al volver a levantarla de sus ruinas en el siglo VIII.